Slovo disciplína se běžně v Montessori používá bez negativního zabarvení a v dobře vedené Montessori třídě není výsledkem kontroly učitele ani není založeno na odměnách a trestech zvnějšku. Vychází zevnitř. Její zdroj pramení hluboko uvnitř každého jednotlivého dítěte a dochází k ní postupně vývojem i citlivou podporou zvnějšku. Disciplinované dítě je takové dítě, které je schopno samo zevnitř kontrolovat své chování a jednání a činí pozitivní volby ve vztahu k vlastnímu chování a jednání. Vnitřní disciplína je úzce propojena se zdravým a přirozeným rozvojem vůle.